Минусинский район расположен в центральной части Южно-Минусинской котловины, входящей в систему Минусинских межгорных впадин между горными массивами Кузнецкого Алатау, Абаканского хребта, Западного и Восточного Саяна.
Площадь Минусинского района составляет – 3187 км². Большая часть территории района расположена в зонах степи и лесостепи, рельеф в основном равнинный, расчлененный речными долинами. Здесь преобладают луговые и равнинные степи, на склонах возвышенностей и в долинах рек — берёзовые и лиственные леса, а также сосновые боры. Главной водной артерией района является река Енисей, которая течёт вдоль западной границы Минусинского района. Самыми крупными реками являются - Туба, Лугавка, Ничка и Минусинка. На территории района расположено несколько десятков озёр, наиболее известные: озера Большой и Малый Кызыкуль, Тагарское, Пресное, Лугавское.
Сопредельные территории:
север: Краснотуранский район Красноярского края
северо-восток: Курагинский район Красноярского края
юго-восток: Каратузский район Красноярского края
юг: Шушенский район Красноярского края
юго-запад и запад: Республика Хакасия.
На территории района располагается тринадцать сельсоветов.