Шушенский Петропавловский приход открыт в 18 веке. Каменная церковь во имя Петра и Павла с приделом в честь Святого Николая Мирликийского построена на средства прихожан прихожан в 1791 году.
В 1938 году храм был разрушен, на его месте построено здание Дома культуры.
Приход воссоздан в 1991 году. С 1998 года богослужения совершались в приспособленном кирпичном одноэтажном здании (бывший райотдел милиции).
В настоящее время на средства прихожан завершено строительство кирпичного однопрестольного храма, который строился с 2011 года.
12 июля 2019 года великое освящение Петропавловского храма совершил Преосвященный Никанор, епископ Минусинский и Курагинский.