Музей был открыт в 1975 году, как комната боевой славы минусинцев. Музейный фонд насчитывает более 1000 различных экспонатов. Здесь хранятся журналы «Пионер» и «Костер», газета «Пионерская правда», пионерская атрибутика, знамена пионерской и комсомольской организаций, ученическая парта и портфель, технические средства для уроков — фильмоскоп, перьевые ручки, промокашки и перочистки, тетради учеников, дневники, альбомы. В этнографической коллекции есть кованая кровать, изготовленная местным кузнецом Автайкиным, кухонная утварь, патефон, швейная машинка «Зингер» 30-х годов XX века, женские мордовские костюмы, коллекции утюгов, самоваров, фотоаппаратов. Также в школьном музее хранятся письма красных следопытов школы и ветеранов 378-й стрелковой дивизии. В школьном музее действуют постоянные экспозиции «История села», «Археологический отдел», «История колхоза и государственного сортоиспытательного участка», «Русская изба», «Боевой путь 378-й краснознаменной стрелковой дивизии», «Эхо афганской войны», «Наши земляки в Великой Отечественной войне», «История школы». В 2006 году музей был награжден специальным дипломом краевого фестиваля-конкурса малых музеев «Окно в музей», а в 2009 году — дипломом победителя в районном смотре музеев в номинации «За экспозиционную работу». Музей является лауреатом регионального конкурса «Музей года. Южная Сибирь». Неоднократно становился финалистом краевого фестиваля школьных музеев, краевых конкурсов «Воинская доблесть». За последние несколько лет музей был дважды реконструирован и расширен. В школьном музее организовывается поисково-исследовательская деятельность учащихся; проводится экскурсионно-просветительская работа с детьми и взрослыми.
В Большеничкинском школьном музее хранится знамя 378-й стрелковой дивизии, сформированной в крае в годы Великой Отечественной войны.