Свято-Троицкий храм построен в 1851 году. В 1933 году церковь была закрыта и частично разрушена. В годы советской власти здание храма использовали в качестве клуба, а затем как помещение для хранения зерна. Долгое время до начала своего возрождения храм пустовал, разрушаясь под влиянием погоды и действий вандалов.
В октябре 2007 года указом Правящего Архиерея началось возрождение одного из старейших храмов Красноярской епархии — ответственной за восстановление Троицкой церкви была назначена игумения кочергинского Вознесенского монастыря Екатерина (Бальва). Храм в селе Шалоболино восстанавливался на пожертвования благотворителей из разных городов России — Красноярска, Железногорска, Зеленогорска, Саяногорска, Нижневартовска, Харькова, Санкт-Петербурга, Москвы и других.
В ноябре 2010 года в Свято-Троицком храме состоялось освящение и поднятие колоколов.
В июле 2011 состоялось великое освящение храма.