Малошиндинский региональный комплексный заказник расположен на территории Курагинского района, в 20 км на восток от п. Чибижек, на южном склоне Манского белогорья в бассейне р. М. Шинда. Площадь 40 тыс. га. Граница проходит по водораздельным хребтам бассейна р. М. Шинда.
Заказник находится в среднем поясе горно-таежных темнохвойных лесов Восточного Саяна. Территория заказника характеризуется прохладным континентальным климатом с продолжительной зимой, устойчивым снежным покровом более 220 дней, который устанавливается уже в начале сентября. Глубина снега колеблется от 80 до 250 см и зависит от экспозиции и крутизны склонов. Среднемесячная температура января составляет -29 С, лето достаточно жаркое, но короткое и дождливое. Сумма осадков среднегорий до 800 мм в год. Распределение жидких и твердых осадков в течение года равномерное.
В связи с высокой гористостью (наивысшая отметка 1950 м) и большим количеством осадков речная сеть хорошо развита, что формирует обилие околоводных биотопов.
Высокая влажность территории способствует распространению горно-таежных крупнотравных кедровых и пихтовых лесов со значительным участием осины и ивы. Лесообразовательный процесс проходит под воздействием эндогенных сукцессий и приводит к формированию разновозрастных низкополнотных кедрово-пихтовых лесов.
По породному составу преобладают пихтачи (39 %), на втором месте лиственничники (13 %) и кедрачи (16 %). Преобладают спелые древостои (91 %). Динамику лесного покрова этой территории обусловливают рубка леса и ветровалы.
Горно-таежные местообитания животных бассейна р. М. Шинда наиболее продуктивны для промысловых видов: соболя, норки, выдры, марала, кабарги, лося, медведя, глухаря, рябчика. Высока численность фоновых горно-таежных птиц: кедровка, кукша, пухляк, поползень, желна, славковые, дрозды.
На территорию заказника заходят ареалы и местообитания следующих редких и исчезающих видов: беркут, скопа, аист черный, сапсан, ястреб-тетеревятник, филин, азиатский бекасовидный веретенник.