Каратузский Петро-Павловский приход открыт в 1852 году. В приходе кроме села Каратуское есть ещё деревни Усть-Копь, Черемушка и Черепановка. В Усть-Копи есть деревянная часовня, построенная в 1886 году.
Каратузский каменный храм святых апостолов Петра и Павла был заложен 17 июля 1849 года, построен в 1852 году, 7 февраля 1853 года освящен. Храм имеет три престола: главный во имя св. апостолов Петра и Павла, второй в честь иконы Божией Матери Знамение, оба придела построены на средства прихожан, третий — во имя св. пророчицы Анны построен Томским купцом Никитою Нестеровым Вяткиным в 1886 году.
4 мая 1936 года было изъято церковное имущество. 2 апреля 1938 года храм передан под здание кинотеатра.
Возрождение приходской жизни началось с 1994 году, когда дом культуры и кинотеатр выехал из здания храма.